L’émergence du programme de recherche et d’innovation de l’Institut est guidée par les orientations données par les professionnels de la filière et par les pouvoirs publics. La construction de ce programme est alimentée par la consultation des professionnels en région par les stations de l’Institut et par des exercices de prospective. En janvier 2018, un séminaire s’est ainsi tenu sur le thème ‘’micro-organismes : santé et qualité des plantes’’ au profit des chercheurs de l’Institut. Ces derniers réalisent également de la veille dans les publications professionnelles, scientifiques et techniques, ou encore visitent des centres de ressources, ce qui leur permet d’identifier plus facilement les questions de recherche associées aux problèmes qui se posent aux professionnels de la filière.
Les orientations des politiques publiques sont prises en compte par une veille active dans ce domaine, la participation aux lieux de consultation nationaux et régionaux (COREDEF9, CROSPAV10, CROS11, Commissions régionales Agroécologie, Agences régionales de la biodiversité…) et des échanges réguliers avec les représentants de l’Etat (DGPE, DGER, DRAAF…).
Les projets de recherche appliquée sont ensuite présentés à l’interprofession VAL’HOR afin d’assurer leur cohérence avec les objectifs stratégiques de la filière. La validation de la pertinence scientifique des projets est quant à elle assurée par le conseil scientifique de l’Institut et leur coordination est effectuée par la commission technique présidée par un professionnel vice-président de l’Institut.